领域的学科均可以开设，比如与计算机软件设计，与计算机硬件设计，与系统决策学、与统计学、与天体物理科学等等。这些学科的分类，非是仅仅一个软件分院所能做到的。
就在莫水还在猜测着是什么原因而让国安的梁主任没有按照自己的设计方案实施研究院的筹建的时候，一张针对上海平行界公司、针对张学年甚至针对莫水的监控与抓捕的大网，正在秘密紧张地展开着。
南京军区某部某特种兵大队，廖仲博大队长今天一早就接到上级密令，要求带上自己的特种兵大队在上海的某某小区、某某某小区、xxx街道的某办公大楼，对这相关的三个目标区域进行便衣监控，并随时准备进行抓捕行动。具体目标人物未知、目标数量未知，一切都要等待上级的进一步命令指示。
廖仲博对于这样的命令始终不解，为什么这样的抓捕行动会直接由军区的特种兵大队出来执行呢？是什么样的目标人物需要军方人员出手？地方的特警大队呢？地方的国安单位呢？这些单位的人员为什么都没动静，而偏偏是自己的特种大队的人员出来执行任务呢？这是什么样的任务？这些疑问虽然是始终盘旋在廖仲博的大脑里，但是第一时间执行命令是他首要选择，而行动的最终目标答案，将会在自己所坐的这台经过改装的，多功能军用通讯车里面的那台处于军网网络连接状态的超级电脑上第一时间通知。
廖仲博现在正带着一小分队对xxx街道某办公大楼进行监控着，其他两队人员，由两个小队长带队，分别监控那两个目标生活区。目标是什么人？有多少人？他们不知道。因此，他们能做的就是各自在自己所布控的目标区域范围内，隐秘地架起军用摄像机，进行全程全范围地录像监控。
杨育林这次“加班”的任务确实紧急，在他们夫妇刚下飞机的时候，立即被早已经等候的便衣国安人员给接走了。在路过教职工生活区的时候，把于素华送下车后，杨育林还没来得及安慰几句，就直接被他们拉到了与软件工程研究分院里去。
与软件工程研究分院的第一期学生，都是来自国家科技部、信息产业部、以及国防科工委的一些软件工程方面的专家学者，他们来这里主要的目的就是针对之前那个民间黑客所提供的“太极防火墙”与“电子空间”所涉及到方面的软件源代码的研究与分析。
杨育林作为最早研究“太极防火墙”以及后续的“电子空间”这一超级电脑的核心控制程序的研究人员，被看作是这一领域的翘楚，因此才被任命为该分院的院长，领衔这一领域的主讲教授。
在杨育林一到分院时，便被带到了一间当初特别设立的机密会议室。望着会议室门口特别增加了两名站岗的荷枪士兵，“看来真的是有特别的事件发生！”杨育林心里猛地收缩了起来，暗暗地揣测着。
“杨院长，你好，我是国防科工委软件工程研究所的王卫所长。”一名身着军装的老者看到杨育林被站岗的士兵带进了会议室，便主动站了起来，走上前来自我介绍道。
“你好，王所长，不知道…”杨育林话刚及一半便被对方给打断了。
“杨院长你先看看这里的一款软件，看完了就会知道具体我们要的是什么！”王所长抢过话头说道。
“哦？！是什么软件？”一听到这，杨院长就知道应该不是什么特别事故的任务，因此始终紧绷的心神稍微松懈了下来。
“那个上海平行界公司开发的那款网络游戏你应该不陌生吧？！这个软件就是关于那个游戏里面的智能npc的控制程序源代码，这是前天晚上刚从南京军区汇报上来的。”王所长先行介绍了这款软件的出处。
“那款游戏我有经过了初步的研究，那个智能npc的控制软件确实是个划时代的作品。”杨育林老实地回答着，同时在心里暗暗地吃惊，难道莫水他们的公司已经被军方拿走了那款软件的源代码了吗？怎么莫水会没有向自己提这件事情呢？！唉，这个孩子，估计是怕自己担忧吧！杨育林在心里面默默地摇头叹息。
“是的，那款控制程序确实是个划时代的作品，今天这么急地把你的休假给挤占了，我们深表道歉，但是，这个软件更是关系到了我们国家的网络安全问题，因此，我们不得不立即把你给叫了回来，以便协助分析这款软件的可能作者。”王所长又继续说道。
“哦？怎么说呢？！”杨育林不解地问，同时也自己找了个座位，向与会的其他几个陌生的研究人员点了点头，坐了下来静听介绍。会议室里，在会议桌上排了一排超级电脑，杨育林坐下来时，便顺手打开了自己面前那台电脑的电源。
“是这样的，这款软件经过我们几个认真的研究分析后，觉得很有可能就是当初提供给我们防火墙以及现在的超级电脑核心控制程序的那个民间黑客。这款智能控制程序的编制原理与之前的那两款软件基本相象，但是我们还不能最终确定，因此想找你这个领域内的翘楚来再研究分析一遍，看看能不能确定就是那个民间黑客所为，如果能确定的话，那么我们可以立即出动人手进行抓捕。”王所长