就在超人力霸王要喪命於宇宙怪獸貝姆拉的攻擊之際，瀕死的痛苦讓早田進發揮強烈的求生意志，因此完成與超人力霸王最完美的結合，超人力霸王忍住劇痛而舉起折斷的雙手，交叉兩手射出無敵的斯派修姆光線擊中怪獸貝姆拉，怪獸貝姆拉慘叫一聲，轟然爆炸而死亡。
早田進回到「科學特搜隊」繼續值勤，開始展開與超人力霸王共同守護地球的任務。
看似和平的宇宙，卻突然出現了一艘搭載20億3000萬巴爾坦星人的巨大戰艦，邪惡的巴爾坦星人由於巴爾坦星壽命將近，得知地球適合居住之後，便搭乘宇宙戰艦前來，準備佔領地球。
巴爾坦星人派出最強的戰士、宇宙忍者降臨地球，宇宙忍者的身高伸縮自如，可以縮小到一公釐，再長高到50公尺，體重則從1公克變化到5000公噸，外形類似螃蟹，不但具有隱形術及分身術，兩隻如同大剪刀的鉗手更發發射凍結光線限制對手的行動，破壞力強大，人類驚慌逃逸。
「科學特搜隊」急忙出動戰鬥機，以飛彈及雷射光對抗宇宙忍者，但是宇宙忍者行蹤飄忽，戰鬥機紛紛被牠擊落，「科學特搜隊」節節敗退，早田進見情形不對，便以變身器化身超人力霸王。
超人力霸王肌肉健壯，動作敏捷，大戰宇宙忍者，宇宙忍者雖然施展隱身術及分身術，均被超人力霸王的透視眼識破而失效，雙方展開激烈戰鬥，宇宙忍者忽大忽小，超人力霸王陷入苦戰。
超人力霸王一時不察，遭宇宙忍者的凍結光線擊中，竟然無法動彈，宇宙忍者於是殘忍地將超人利霸王的雙腳一節一節地用鉗子手夾斷，然後再把超人力霸王的雙手同樣一段一段地折掉，又以鉗子手戳破超人力霸王健美的胸膛與腹部，拉出超人力霸王的內臟，超人力霸王渾身鮮血直流，疼痛至極，卻無力反擊，只能苦苦硬撐。
可憐的早田進與超人力霸王的心靈及身軀相連，自然也承受著巨大的折磨而苦不堪言，慘叫到喉嚨都啞掉了。
宇宙忍者玩膩了，便用鉗子手掐住超人力霸王的脖子，打算捏斷超人力霸王的頭部，雪上加霜的是，超人力霸王變身的十分鐘時限即將到來，瀕死的超人力霸王要如何挽救頹勢，擊敗宇宙忍者，保衛地球呢？